Gestionar retenciones fletes e impuestos fletes en 2025 no es solo cuestión de presentar modelos fiscales al día. Cuando transportas mercancías por mar, aire o carretera, cada tributo mal aplicado puede drenar tu margen, generar sanciones y romper la confianza del cliente. La buena noticia es que hoy existen flujos digitales que te ayudan a calcular la retención exacta, aplicar el 4 % cuando toca y reportar todo sin errores, directamente desde tu ERP para transitarios. En esta guía vas a aprender, paso a paso, cómo integrar la fiscalidad en tu operativa diaria y olvidarte de los sobresaltos con Hacienda.
Impuestos en fletes: por qué el 2025 es un punto de inflexión
Hace unos años bastaba con separar el flete del resto de gastos y aplicar retenciones estándar. Sin embargo, las reformas fiscales de 2023 – 2025 obligan a registrar cada movimiento con más granularidad: origen, destino, valor del servicio y moneda de cobro. Además, la Administración cruza datos vía DIVA y sistemas de control aduanero en tiempo real. Un descuadre mínimo dispara requerimientos que paralizan tu flujo de caja.
Por eso el reto ya no es “pagar” impuestos, sino gestionarlos. Integrar retenciones, IVA e impuestos específicos—como el IEHG para servicios portuarios—en tu plataforma operativa elimina re-trabajos, reduce errores humanos y muestra alertas antes de presentar el modelo 111 o 349.
Consejo rápido: si tu equipo aún usa hojas de cálculo, estás regalando tiempo y dinero. Un software ERP logístico con reglas fiscales actualizadas a 2025 te permite calcular en segundos la base imponible de cada expedición y conservar histórico para auditorías.
¿Qué retención se le hace a los fletes?
La pregunta parece sencilla, pero la respuesta se matiza según el tipo de proveedor, la residencia fiscal y la naturaleza del servicio. En rutas internas dentro de España—por ejemplo Madrid-Valencia—aplicas la retención general del 1,5 % a transportistas autónomos. Sin embargo, cuando contratas un flete internacional con un armador extranjero, la Ley del Impuesto sobre Sociedades te exige retener un 4 % si el buque opera en puertos nacionales.
En fletes terrestres internacionales (p. ej. Francia-Alemania) no existe obligación de practicar retención en origen, pero sí debes acreditar la exención mediante el documento de transporte CMR y conservarlo cinco años. Esta práctica responde a lo que Hacienda denomina “prueba de destino”.
Preguntas frecuentes que recibimos a diario:
- ¿Cuánto se le retiene a un flete? Depende del escenario, pero el 4 % es la cifra más común para transportes marítimos facturados desde España.
- ¿La retención se aplica sobre la base o sobre el total? Se calcula sobre el importe del servicio sin incluir recargos ni seguros.
¿Quieres una regla de oro? Si el proveedor emite factura con CIF español o actúa mediante representante fiscal aquí, aplica retención. Si factura desde el extranjero sin establecimiento permanente, generalmente no se retiene, pero tendrás que reportar la operación en el 349.
Impuestos a declarar en un flete internacional
Cuando mueves carga entre continentes, los impuestos fletes se dividen en tres bloques:
1. IVA o IGIC
La prestación de servicios de transporte de mercancías internacionales está exenta de IVA español (art. 22 LIVA). Eso no significa barra libre: conservas la obligación de documentar la exención, registrar la operación y presentarla en el 303 como “operación no sujeta”. En Canarias aplicarás IGIC al 0 %, con idéntico respaldo documental.
2. Retenciones a cuenta (4 %)
Como vimos, se aplica cuando la naviera presta servicio en puerto español y factura desde un NIF español. El importe retenido se declara en el modelo 111 y se ingresa trimestralmente.
3. Tasas portuarias y recargos
Conceptos como ISPS, T3 o recargo de combustible están fuera del ámbito del IVA si el servicio principal (transporte internacional) está exento. Aun así, su inclusión en la factura obliga a separarlos contablemente para informes de coste.
Un error habitual es mezclar gastos de origen y destino con la base de retención. Para evitarlo, tu ERP debe etiquetar cada concepto: flete, recargo, gasto portuario, servicio aduanero. Así podrás auditar la congruencia entre importe retenido e importe sometido a IVA con un solo clic.
¿Quién retiene el 4 % de fletes?
La obligación recae sobre quien paga el servicio y tiene residencia fiscal española—en la práctica, tu transitaria. Si subcontratas a un agente extranjero que refactura los costes, la responsabilidad cambia: será el agente quien retenga (o no) según su legislación. Este matiz complica la operativa porque necesitas evidencia documental de que la retención se practicó aguas arriba.
Ejemplo típico:
Tu delegación de Barcelona contrata a Mediterranean Shipping Co. (MSC) para un embarque Valencia-Santos. MSC emite factura con NIF español. Debes retener el 4 % sobre el flete base y declararlo. Si, en cambio, el booking lo gestiona la oficina suiza de MSC y te factura desde Ginebra, no retienes, pero declaras la operación intracomunitaria/extracomunitaria.
¿Problema? El volumen de facturas en temporada alta dificulta identificar a tiempo qué proveedor queda sujeto a retención. Una regla fiscal automatizada en tu ERP—“Naviera con NIF ES → retención 4 %”—elimina este riesgo.
Un ERP para gestionar la fiscalidad en fletes
Si eres fan de las hojas de cálculo quizá sufras cada trimestre: modelos que no cuadran, facturas sin identificar y retenciones practicadas tarde. Con un ERP especializado en fletes ganas:
- Reglas automáticas para aplicar el 4 % según país del proveedor y tipo de servicio.
- Cálculo instantáneo de IVA exento y generación de libros de registro para el SII.
- Alertas cuando una factura incluida en el 111 no ha sido pagada (evitas descuadres de caja).
- Plantillas actualizadas a los modelos de 2025: 111, 349, 303.
- Histórico de documentos justificativos accesible en un par de clics—ideal para auditorías.
- Integración EDI con navieras y aerolíneas: recibes la factura, se valida, se aplica retención y se archiva.
ClickAndCargo reúne estas funciones en un entorno 100 % web. Así, tu equipo puede agilizar despachos, mantener compliance y dedicar más tiempo al cliente. Además, si operas en Latinoamérica, el módulo fiscal multimoneda adapta las reglas de retención locales (ISR, IVA importación) sin desarrollos extra.
Paso a paso para automatizar tu gestión fiscal de fletes
1. Define tu matriz de retenciones
Agrupa proveedores por residencia fiscal y tipo de servicio. Asigna tarifa de retención y período de declaración.
2. Configura tipos impositivos en el ERP
Asocia a cada servicio su código fiscal: flete internacional exento, flete nacional con IVA, tasa portuaria sujeta, etc. Usa una nomenclatura clara para que finanzas y operaciones hablen el mismo idioma.
3. Habilita validación automática
Establece umbrales de tolerancia y certifica facturas antes de pagar. Si falta el NIF o no coincide la base de retención, el sistema bloquea el asiento y envía aviso.
4. Integra con tu gestoría
Exporta en SII o SAF-T para España y Portugal sin retoques manuales. La gestoría podrá revisar la info y presentar modelos en minutos.
5. Analiza y mejora
Revisa KPIs como “retenciones aplicadas vs. requeridas” o “facturas sin soporte de exención”. Estos indicadores te ayudan a negociar mejores tarifas y reducir riesgos.
Beneficios tangibles de un flujo fiscal integrado
Implementar reglas de retención e impuestos directas en tu ERP libera a tu equipo de tareas repetitivas. Según nuestros clientes:
- Reducción del 60 % en horas dedicadas a presentar modelos.
- Eliminación de sanciones por errores de retención en el primer ejercicio.
- Visibilidad de la rentabilidad neta por expedición en tiempo real (impuestos incluidos).
- Mejora del cash flow gracias a previsión de pagos fiscales integrada en tesorería.
¿Listo para ganar tranquilidad fiscal?
Olvídate de cálculos manuales y sanciones sorpresa. Solicita una demo de ClickAndCargo y comprueba cómo un flujo 100 % web te ayuda a dominar las retenciones fletes e impuestos fletes en 2025.
